Система контролю не забезпечує абсолютної впевненості в тому, що цілі контролю організації будуть досягнуті. Натомість у будь-якій системі є кілька властивих обмежень, що знижують рівень впевненості. Ці властиві обмеження такі:
Змова . Двоє або більше людей, яким система контролю призначена стежити один за одним, можуть замість цього змовитись, щоб обійти систему.
Людська помилка . Людина, яка бере участь у системі контролю, може просто помилитися, можливо, забувши скористатися етапом управління. Або людина не розуміє, як слід використовувати систему управління, або не розуміє інструкцій, пов’язаних із системою. Це може бути спричинено дорученням завдання не тій людині.
Заміна управління . Хтось із керівної команди, який має на це повноваження, може замінити будь-який аспект системи контролю заради своєї особистої вигоди.
Відсутність розподілу обов'язків . Система контролю могла бути розроблена з недостатнім розподілом обов'язків, щоб одна людина могла перешкоджати її належній роботі.
Отже, слід визнати, що жодна система внутрішнього контролю не є досконалою. Завжди є спосіб, коли він може зазнати невдачі або його обійти.